在科目二考试中，判断是否超时的方法如下：

个别项目有时间限制

倒车入库：完成时间超过210秒（从挂倒挡开始算）即为不合格。

侧方停车：完成时间超过90秒即为不合格。

坡道定点与起步：停车过后超过30秒内起步上坡即为不合格。

行驶中，视线离开行驶方向超过2秒即为不合格。

启动、转弯、变道、超车、停车前打转向灯不到3秒即为不合格。

系统自动播报

个别项目如S弯考试，只要完成了就视为过关，不存在超时问题。

扣分标准

超时将被扣100分。

中途停车（除规定的停车位置外，汽车停顿2秒以上或瞬停）每次扣5分，若中途停车次数超过4次，则判定为不合格。

注意时间规定

考生需要严格按照规定的时间完成各个项目，避免超时。

综上所述，在科目二考试中，考生需要注意各个项目的时间限制，并在规定时间内完成操作。如果超时，将会被扣分甚至判定为不合格。建议考生在考试前熟悉各个项目的时间要求，并在考试中保持专注，以确保顺利完成考试。