自主招生考试作为一种选拔人才的方式，尽管有其独特的优势，但也存在一些明显的弊端。以下是一些主要的弊端：
公平性问题
自主招生可能为某些人提供“后门”，在现有行政管理体制不甚完善的状态下，容易滋生腐败现象。
高校在自主招生过程中可能会对本校附属中学或合作中学的学生有一定的倾斜，造成不公平。
自主招生中的公平问题包括机会公平、考试内容与形式对农村学生的不公平，以及监管不够、过程不透明等。
信息不对称
一些学生可能由于家庭背景、地域等因素，无法及时获取准确的招生信息，导致在报名和考试过程中处于劣势。
实际效果与期望的偏差
自主招生考试与99.9%以上的考生没有直接关系，较大规模自主招生联盟的出现使得自主招生笔试更像另一次高考。
自主招生还存在着一个更大的问题，就是其过程的公平性，有批评者指出，所有自主招生考试都有有形的和无形的门槛。
时间和精力浪费
准备自主招生的过程耗费大量时间和精力，学生需要花费大量时间准备报名材料，如撰写个人陈述、推荐信，整理获奖证书、学术论文等。
在准备自主招生的过程中，学生需要投入大量的时间和精力进行复习和备考，这可能会影响到正常的课堂学习和学校考试。
人为因素干扰
自主招生的面试环节主观性较强，可能会受到面试官个人喜好、偏见等因素的影响，导致一些优秀的学生无法获得录取机会。
过去曾出现过一些不良现象，如材料造假、权力寻租等，这也影响了自主招生的公平性和公信力。
专业选择受限
有些高校在自主招生中会对学生的专业选择进行限制，要求学生必须进入特定的专业或专业方向学习。如果学生对这些专业不感兴趣或不擅长，可能会影响他们的学习积极性和未来的发展。
培养模式差异
自主招生可能会影响学生的培养模式，使得一些学生因为获得了自主招生的优惠分数而被录取，但在高校很难挣得优秀生，更少有机会被保研。
学习负担的加重
不少考生和考生家长都会把“自主招生”当成是一条“捷径”，这种认识是错误。这些人往往只看到了人家的“降分”，却看不到这背后的付出。无论如何准备竞赛，还是从自主招生初审、笔试、面试以及签约等等都是需要付出时间成本的，这些事情牵扯到的精力是肯定会影响到其他科目学习的。
综上所述，自主招生考试在选拔人才的同时，也存在诸多弊端，需要在制度设计和执行过程中不断改进和完善，以确保其公平性、透明性和有效性。
