根据经济学中的投资定义，投资通常指增加资本存量或生产能力的行为，但需满足以下条件：资源的稀缺性、未来的经济利益、以及非消费性用途。

让我们逐一分析选项：

A. 购买新住房

购买新住房属于投资，因为它增加了家庭的资产存量，并可能通过租金或资产增值带来未来收益。

B. 购买新工厂

购买新工厂属于资本投资，因为它直接增加了企业的生产能力，属于非消费性资产。

C. 公司制成品库存的增加

公司制成品库存的增加属于 存货变动，而非投资。存货是生产过程中未转化为最终产品的中间产品，其增加不直接增加生产能力或未来收益，因此不属于投资范畴。

D. 发行新股票

发行新股票属于 融资活动，而非投资。它只是企业筹集资金的方式，不直接增加资本存量或生产能力。

E. 以上全被认为是投资的部分

由于选项C和D不属于投资，因此该选项错误。

综上所述，正确答案是C. 公司制成品库存的增加。