陈长生知道落落为他做的。在《择天记》中，陈长生在凌虚阁参悟时，落落察觉到他有危险，不顾一切地想要救出他。陈长生在感受到落落的深情和保护欲后，虽然知道落落的行为有些不妥，但并没有责怪她，反而对她的行为表示理解和接受。此外，落落在最后为了救陈长生，前往妖族的神女殿求助，并答应成为神女以恢复陈长生的五感，但代价是失去爱人的权力和记忆。陈长生在苏醒后，虽然发现落落已经忘记了他，但他仍然感受到落落对他的关心和爱护。这些情节表明，陈长生是知道落落为他所做的一切的。